12 Jahre vor den Ereignissen in "Naruto" überfiel ein neun schwänziges Monster Konohagakure. Das Monster war so mächtig, dass es nur mit einem seiner neun Schwänze Berge teilen und sogar Tsunamis auslösen konnte. Der Fuchs zerstörte Konoha und forderte unmengen von Menschenleben, bis es letztendlich vom 4ten Hokage, dem ranghöchsten Ninja im Dorf, unter Lebenseinsatz in einem Neugeborenen versiegelt wurde. Der Name dieses Kindes war Naruto Uzumaki.
Und trotz der Bitte des 4ten Hokage, Naruto zu respektieren, wurde er immer gemieden und gehasst.

Jahre später, am Anfang der Serie, ist Naruto 12 Jahre alt und geht in die Ninja-Akademie um später seinen Traum, Hokage zu werden und endlich anerkannt zu werden, zu verwirklichen. Er ist ein lauter Störenfried und spielt den Leuten andauernd Streiche um wenigstens ein bisschen Aufmerksamkeit zu bekommen. Doch seine Versuche gehen gehörig nach hinten los, denn Naruto ist in seinem Dorf als Nervensäge und schlechter Schüler bekannt. Zu Beginn der Serie sehen wir wie Naruto die Auswahlprüfung zum Genin, dem ersten Ninjarang, machen muss und dabei hoffnungslos versagt. Betrübt über die Tatsache, dass er als einziger durch die Prüfung gefallen ist, wird er von einem Bösewicht namens Mizuki reingelegt und stiehlt eine Schriftrolle mit geheimen Jutsu. Iruka, Naruto's Lehrer in der Ninjaschule versucht ihn aufzuhalten, wird aber selber von Mizuki angegriffen und dann von Naruto, der seine neu erlernte Technik, die Schattendoppelgänger, einsetzt gerettet. Durch diese Rettung schafft es Naruto doch letztendlich, seine Prüfung zu bestehen und steigt zum Genin auf. Er wird mit 2 weiteren Ninja's in Team 7, die einen Jounin, einen hochrangigen Ninja, als Lehrer haben, eingeteilt mit denen er fortan viele Missionen bestreiten muss.